Balai Kekarantinaan Kesehatan (BKK) Kelas I Gorontalo merupakan Unit Pelaksana Teknis (UPT) di bawah Direktorat Jenderal Penanggulangan Penyakit, Kementerian Kesehatan Republik Indonesia. Satuan kerja ini memiliki peran penting dalam melindungi masyarakat dari risiko penyakit menular yang datang melalui lalu lintas internasional dan antarwilayah.

Awalnya, wilayah Gorontalo merupakan bagian dari wilayah kerja KKP Kelas II Manado. Pada tahun 2008, dibentuklah Kantor Kesehatan Pelabuhan (KKP) Kelas III Gorontalo sebagai unit mandiri untuk memperkuat pengawasan kesehatan di wilayah ini.

Pada tahun 2017, kantor induk KKP Gorontalo dipindahkan dari Kota Gorontalo (kawasan Pelabuhan Laut Gorontalo) ke lokasi yang lebih strategis, yaitu di Desa Tolotio, Kecamatan Tibawa, Kabupaten Gorontalo, berdekatan dengan Bandara Djalaluddin.

Seiring meningkatnya kompleksitas tugas dan cakupan wilayah kerja, pada tahun 2021, KKP Gorontalo resmi naik status menjadi KKP Kelas II berdasarkan Peraturan Menteri Kesehatan Nomor 33 Tahun 2021.

Sebagai bagian dari program nasional Transformasi Sistem Kesehatan, pada tahun 2024, Kementerian Kesehatan mengubah seluruh Kantor Kesehatan Pelabuhan menjadi Balai Kekarantinaan Kesehatan (BKK). Transformasi ini bertujuan memperkuat fungsi pencegahan, deteksi dini, dan respons kesehatan lintas batas, sesuai amanat Undang-Undang Nomor 6 Tahun 2018 tentang Kekarantinaan Kesehatan.

Kini, BKK Gorontalo berstatus sebagai BKK Kelas I dan terus berkomitmen menjadi garda terdepan dalam menjaga kesehatan masyarakat dari ancaman penyakit global.